Действие игры Crysis 3 разворачивается в 2047 году. Суперсолдат Пророк возвращается в Нью-Йорк и обнаруживает, что мегаполис превратился в настоящие джунгли – с гигантскими деревьями, непроходимыми болотами и бурными реками.
Выясняется, что масштабная метаморфоза произошла по вине коррумпированной корпорации CELL, которая, прикрываясь благой целью защиты населения от пришельцев, возвела над городом нанокупола.